É uma grande questão. Infelizmente, ando evitando natação no mar por essa razão. Ou as vezes acabo dando voltas ali próximo ao Espigão do Nautico - na minha concepção, parece ser um pouco mais "limpinho".
Existe um boletim de balneabilidade das praias do Fortaleza:
Semace MobileMas as amostras são tiradas uma vez por semana se não me engano, então não dá pra confiar muito.
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EDIT: só depois vi o post do Thiago, mas acho que complementa