No meu informe do TRBL tbm aconteceu isso. No BS o valor de rendimentos isentos é X, e no informe do TRBL o valor de rendimentos isentos é X+Y, sendo Y o mesmo valor que aparece como crédito em trânsito.
Faço 99% do IR usando o BS, mas quando dá essas diferenças eu opto por seguir o informe de rendimentos. Por melhor que seja o BS fica difícil usar ele como argumento para a dona receita

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Fiz conforme o colega @Mero comentou.