Link para o FAQOs gráficos de cotação via de regra são ajustados e descontados por proventos (dividendos, juros sobre capital próprio), amortizações, bonificações, desdobramentos e grupamentos.
Exemplo real:
ABEV
Olhando o gráfico (que é descontado) no fim de 2013 o preço da cotação era R$13,98. Mas ela não foi negociada neste preço, acessando o arquivo de cotações históricas da bovespa vemos que a cotação daquele dia fechou a R$17,32. Isso acontece devido aos descontos de todos proventos pagos no período.
Então é só subtrair os proventos/eventos pagos até hoje, que terei a cotação descontada?A cotação histórica vai chegar a 0 um dia?
Não!
Porque o desconto é percentual. Não é uma simples subtração. Os gráficos são descontados percentualmente, para representar o retorno no investimento.
Exemplo simples: Cotação a R$100, empresa/FII distribui R$10 em proventos (10%)
Todo o gráfico é descontado em 10%, incluindo o preço de fechamento do último dia COM. Em históricos de ações antigas, as cotações vão se aproximando de centavos, mas nunca zeram.
Vejam o exemplo abaixo:

Todo gráfico de lucro x cotação das empresas no site já mostra o retorno em valorização no LONGO PRAZO, e já considerando todos proventos e eventos.
Abaixo um estudo relacionado aos preços históricos de algumas empresas:

Exemplo do que acontece com dividendos:

Exemplo do que acontece com bonificação:

Exemplo do que acontece com desdobramento e grupamento:

Observação: Este desconto não se aplica para o preço de compra para fins de Imposto de Renda.
Explicação dada por @oxe
o preço nominal é o que tava lá na hora. Mas esse preço normalmente não reflete a valorização da empresa com o tempo, pois no período tiveram dividendos distribuídos e a empresa tem alguns outros eventos que mudam a cotação sem alterar o valor do seu patrimônio (exemplo, desdobramento e bonificação). Por isso que o correto é usar o preço histórico, que é ajustado por tudo isso. No preço histórico, tava 0,06 reais (6 centavos) em 95.
Pra entender porque usa o preço histórico, tem que entender duas coisas:
1- que dividendos são descontados do preço da ação. Ou seja, a empresa tem cotação de 10 reais e distribui 1 real de dividendos, ela passa a ter cotação de 9 reais. Seu patrimônio fica igual. Você tinha, por exemplo, 100 ações a 10 reais = 1000 reais, depois passa a ter 100 ações a 9 reais = 900 reais e mais 100 ações * 1 real de dividendo por ação = 100 reais de dividendos. Como 1000 = 900 + 100, dividendos não alteram seu patrimônio. Mas, como eles são descontados do preço da ação, você tem que ajustar o preço antigo pelos dividendos pra calcular seu retorno.
Imagina que você tenha comprado essa mesma empresa que distribuiu dividendos do exemplo por 5 reais. Ela tá valendo 10 agora, você teve um "lucro" de 100% (tá valendo o dobro do que você comprou). Quando ela distribuiu dividendos, a cotação caiu pra 9 reais. Se você calculasse seu retorno em cima da diferença entre os 5 reais da compra e os 9 reais de agora, dava menos do que você ganhou porque faltaria os dividendos. Pra resolver isso, a gente ajusta o histórico da cotação sempre que a empresa distribui dividendos. O ajuste é feito pela mesma proporção dos dividendos na cotação atual. Ou seja, no exemplo a empresa distribuiu 1 real quando a cotação era 10, isso é 10%. Todas as cotações antigas da empresa, desde o comecinho, são reduzidas em 10%. Ou seja, aqueles 5 reais da compra virariam 4,50 (5 - 10%*5). Aí o retorno fica certinho. Pode ver que 9 (a cotação atual, depois de reduzir os dividendos) é o dobro de 4,50, da mesma forma que 10 (a cotação antes do desconto dos dividendos) é o dobro de 5;
2- que tem outros eventos que mudam a cotação da ação sem alterar seu patrimônio. Por exemplo, você tem 100 ações da empresa a 10 reais (total de 100*10 = 1000 reais). Aí a empresa faz um desdobramento de 1:2, ou seja, duplica o número de ações de todos os acionistas. Agora você tem 200 ações (100 que você tinha * 2). Só que, pra manter o resultado final, a cotação também. Se você tinha 1000 reais antes, continua com 1000 reais agora (não cai dinheiro do céu no seu colo). Como agora você tem 200 ações, cada uma precisa valer 5 reais (1000/200) pra manter os 1000 reais de patrimônio. Ou seja, a cotação é reajusta pela metade por causa do desdobramento, nesse exemplo.
Aí o raciocínio é o mesmo dos dividendos aí de cima. Tem que ajustar todo o histórico da cotação pra não ficar errado o cálculo. No caso, a cotação do histórico todo é reajustada em 50% pra menos (divide pela metade). Ou seja, no mesmo exemplo, você comprou a 5, a cotação tava a 10. Teve desdobramento, a cotação passa a ser 5. Aquele seu preço de compra tem que ser reajustado pela metade, vira 2,50, pra manter o seu retorno de 100% (5 é o dobro de 2,50, assim como 10 é o dobro de 5).
A mesma coisa com bonificação e agrupamento. Só muda a proporção, mas a lógica é a mesma: patrimônio final é igual ao inicial, a cotação é ajustada em todo o histórico pra isso ser verdade.